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第一，人员编制规模的膨胀趋势与坚持精简原则之间的矛盾。据统计，“十一五”期间，每年劳动力供求缺口仍在1300－1400万人左右。新的就业矛盾也逐步凸显，特别是普通高校毕业生和复转军人等需要政策性安置的人员。
促进就业是政府一项重要的公共服务职能，政府有责任提供更多的就业岗位，缓解就业压力，可见，人员编制规模面临着不可阻挡的膨胀趋势。但是，政府又要保持一个适度的人员规模，不可能无限制地增加。所以，政府在缓解就业压力、解决就业问题的同时，还必须控制人员规模总量，使政府人员规模不至于过大。这是一个“两难选择”，而且在短期内恐怕难以得到有效解决。受经济发展水平和政府财力等多方面因素的制约，在相当一个时期内，精简仍会是必须坚持的一个首要原则。
第二，控制人员编制规模与满足经济社会发展和政府履行职能需要之间的矛盾。推动经济社会的协调可持续发展，构建社会主义和谐社会，需要政府发挥重要作用，要求政府的规模与之肩负的工作任务相适应。需要适度扩大政府规模，满足需要，特别是一些需要重点加强的领域，像社会管理和公共服务。既要满足需要，又要控制规模，这也是一个“两难选择”。解决这一矛盾，必须加强管理创新，从结构调整以及动态管理上多创造一些有效的管理办法。
第三，人浮于事与人手不足的矛盾。一方面，尽管经过多次改革，很多部门的人员作了大量的精简，但人浮于事的问题仍然存在。另一方面，真正办事的时候又捉襟见肘，人手不足。有些事情没有得力的人员和足够的力量来办，不得不通过加班加点和借调人员来解决。产生这一问题的主要原因在于我们公务员队伍的管理水平不高，对如何做到工作能力与工作岗位相匹配并充分调动积极性还缺乏有效的办法，公务员队伍出口不畅，不适应工作的人进来了却出不去。这一矛盾也给人员编制规模的控制增加了难度。
以上五个方面的问题是我们在进一步深化改革时应当重点考虑解决的问题。另外，从经济社会协调发展的大局来看，还有一些问题应当在进一步深化改革中予以关注。如，社会主义新农村建设对乡镇机构改革的要求、城乡区域协调发展给政府管理带来的挑战等，这些问题处理不好，会加剧经济社会发展不协调的矛盾，影响科学发展观的贯彻落实。
